甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。
不是所有甲状腺囊肿都需要治疗，而是要根据甲状腺囊肿的大小和形态而定。
一般甲状腺囊肿的诊断主要通过超声，即颈部彩色多普勒明确诊断。微小囊肿如3-4mm囊肿，无需进一步治疗，只需临床观察，无内分泌影响，无压迫局部胀痛的情况下只需每半年或一年进行颈部彩色多普勒，观察囊肿是否变大即可。对于较大囊肿，如给患者带来局部不适及压迫感，则需切除手术。如果确认为良性甲状腺囊肿，可以进行局部切除。而如果确诊为恶性甲状腺囊肿，则需要进行根治性甲状腺切除手术。
甲状腺囊肿一般不可以自愈。
甲状腺囊肿能不能自行愈合，要看其有没有多发性，结节的尺寸，结节边缘有没有钙化。甲状腺囊肿也就是所谓的囊性结节，它主要是由于甲状腺肿结节或者腺瘤的退行性变性而形成，里面包含着血液或者是微混液体，与周边界限清晰，质地比较坚硬，没有任何压迫感，核素检查提示为冷结节。少部分病例是由先天性的舌骨或第四鳃裂症所引起。对于甲状腺囊性结节，要考虑有没有多发性，有没有肿块，有没有钙化，如果有囊性结节，可以进行定期的检查，一般不会自己消退。
诊断甲状腺囊肿，检查甲状腺素的水平。如果甲状腺素增高，说明有可能是恶性的肿瘤。如甲状腺素不高等，则无需处理，勤查一查即可。甲状腺囊肿是一种良性疾病，在一般情况下不会引起症状，但是一旦发生，就要注意及时治疗，否则会造成严重后果。如甲状腺素的变化，论证问题比较严重，手术切除治疗势在必行。饮食上注意清淡、多油少盐。
此外，甲状腺囊肿的病人应保持平时的心理状态，乐观和愉快的心态，缓解种种压力。培养良好饮食习惯，食用新鲜水果及海产品。
甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润可观察或中医及内科治疗；
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎建议给予内分泌治疗；
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染防止甲状腺脓肿发生；
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状建议及时治疗手术；
5、射频治疗是一种新的治疗方式可以作为方案的替代但不建议。
甲状腺囊肿的治疗方法因情况而异：
1、囊肿较小，无症状者，建议患者观察、随访即可，每年复查超声及甲功观察囊性肿物变化。
2、但出现囊肿大、压迫症状，如气管移位、患者呼吸不畅等症状，可尝试手术治疗。当然，部分医院尝试囊肿穿刺抽吸囊液，这种治疗方式效果不太肯定，且复发率相对较高。
3、如果囊性肿瘤是囊性的，而不是纯囊性的，这将引起一定的重视。此时，应观察囊性肿瘤的实性成分、大小及形态。尤其是有一定恶性超声表现时，需进一步检测，治疗可能需要手术干预。