甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
通常情况下，甲状腺囊肿不能自己消除。具体分析如下：
甲状腺囊肿是由甲状腺结节囊性变而来，绝大多数为良性。多数甲状腺囊肿本质是结节性甲状腺肿或甲状腺腺瘤，前者最常见，往往多发，经历了增生期、胶质贮存期，最后到结节期。在囊性变之后，就成了所谓的囊肿，不会自行消失，而且还会逐渐增大。甲状腺囊肿病变性质不容易发生変化，少数人可以有囊内出血而迅速增大，但这种变化多可以自止，病变性质无变化，不必过于紧张。
甲状腺囊肿病因如下：
1、本病多由肝郁火伏、肝炎增高、情志内伤、肝气郁结引起。其发病机制与经、孕、产、奶等生理功能失调和体质因素等有一定关系，体内阴阳平气、气滞痰凝，堵颈前功能放弃基本病变，久而久之，引起血脉淤血，气、痰、瘀三者相结合本病初有许多果实，久则实至虚，或虚实相杂。
2、由于机体摄入碘减少，导致血甲状腺激素浓度降低，通过神经-体液调节途径垂体前叶分泌大量促甲状腺激素，促使甲状腺肿大。这种肿大实际上是甲状腺代偿性肿大，是甲状腺功能不足的现象。
甲状腺囊肿是可以治好的。老年甲状腺囊肿患者早期无任何不适，多无意识发现颈前肿物，亦有甲状腺结节病史。多为单发结节，偶见多发性结节，直径多在2-5厘米之间。甲状腺囊肿块呈圆形，表面光滑边界清晰，多不痛或轻微疼痛，无触痛，可随吞咽上下移动。甲状腺囊肿囊内压不高时质软，可触及囊性感；例如，在囊肉液体多、压力高的情况下，也可以触摸强韧。
甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。