一般情况下，宝宝消化不良会腹泻的原因有食物不当、感染等。
1.食物不当：宝宝消化不良时，肠道中不消化的食物增多，从而使肠道内水份增加，而且食物一般会释放一些酸性物质，刺激肠蠕动，从而引起腹泻。
2.感染：当宝宝消化不良的时候，容易出现继发肠道细菌感染、病毒感染等情况，从而出现宝宝消化不良会腹泻的的情况。
两岁宝宝消化不良拉肚子首先要调整好生活习惯，不要食用寒凉的食物，例如：牛油果，香蕉，奇异果，火龙果等，不要食用冰激凌，冷饮等生冷的食物，以免引起肠胃不适。平时要吃的东西要清淡易消化，不能吃太多的食物，容易导致孩子的肠胃出现问题。另外还可以通过服用一些促进消化的药物和益生菌来调整肠道菌群，比如胃酶合剂、酵母片等，布拉氏酵母菌、三联活菌等都是比较常见的。
婴幼儿出现消化不良、腹泻的情况，可以适当的调节饮食，尽量不要吃油腻、生冷的食物，可以吃一些像菜粥，面条，米粉，炒面等。可以选择去乳糖的奶粉，也可以选择水解蛋白的。母乳喂养的妈妈要吃清淡的食物，避免油腻、生冷、辛辣的食物，还可以通过服用妈咪爱等益生菌来改善消化不良、腹胀等。还可以服用补液盐，预防脱水，补充体内流失的电解质，同时也能起到止泻的效果。
一般来说，小孩因为肠胃的原因，经常进食会导致肠胃不适。宝宝的肠胃会堆积一些消化不良的食品，如果继续腐败、酵解会导致宝宝出现腹部疼痛、腹胀、腹泻等症状。小儿消化不良导致的拉肚子可以通过按摩来改善。按摩的方法有如下。首先要做的就是给宝宝的肚子按一下，这样可以让宝宝的肠胃更好的蠕动，让肠胃里的东西排泄出来，这样可以缓解肠胃不适。其次，按摩小儿背部的足太阳膀胱经，也可以起到消食和祛积的效果。
此外，应该保证宝宝清淡饮食，有助于改善宝宝的不适症状。
孩子消化不好容易引起拉肚子，进而引起厌食恶心反胃不适的问题，需要注意多到室外活动多晒太阳，另外如果有贫血或者是其他微量元素的缺乏，应该积极补充治疗既可以了。抑制肠道内的有害细菌，使肠道的菌群恢复正常的平衡状态，从而缓解孩子消化不良的症状。
宝宝如果出现拉肚子而且还有消化不良的表现，这种情况应该注意调节宝宝的饮食习惯，给宝宝补充一些微量元素和维生素，在医生指导下服用改善腹泻症状的药物。
另外要分辨宝宝的腹泻是生理性腹泻还是感染性腹泻。
如果是生理性腹泻，可以通过日常护理和改善饮食习惯调理，如可以暂时停止添加辅食以及一些不容易被宝宝肠胃消化的食物，以及加长餐之间的时间，给消化道适当休息的时间，减轻肠胃道的负担，注意饮食清淡，尽量稀粥烂面，少食多餐，不吃辛辣、油腻刺激性食物，多给宝宝补充一些易消化的新鲜蔬菜以及适应的水果等，同时要及时补充宝宝体内的水分，防止宝宝脱水。也可以尝试配合医生使用一些在改善肠胃消化功能等方面有疗效的药，通过调理消化不良和腹泻，如四磨汤口服液，此药有顺气降逆，消积止痛的功效。可以缓解多种肠胃不适症状。
如果是感染性腹泻，则需进一步的就医检查。
