一般的母乳性腹泻不是消化不良导致的，宝宝可能对母乳比较敏感，如果腹泻较严重建议用奶粉喂养，也有可能随着宝宝长大会改善，只要体重增加就不需担心。虽然有腹泻，但孩子生长发育不受影响。
宝宝母乳性腹泻，也属于是宝宝的生理性腹泻。因为宝宝月龄小，所以消化系统、神经系统发育不完全，消化能力较弱，经常会出现消化不良、腹泻的症状，大多是由于宝宝对母乳当中的乳糖不耐受所引起的，一般一岁左右就会自愈。添加辅食之后，大便就会逐渐转为正常的。
母乳性腹泻是乳糖不耐受引起的，如果大便次数不多，不影响生长发育，体重增长是正常的，就不需要特殊治疗。如果大便次数比较多，体重增加缓慢或者是体重不增，首先调整饮食，选用没有乳糖的配方奶粉喂养。
可以选用无乳糖配方的奶粉。缓解腹泻的情况后，逐渐增加母乳喂养的次数。宝宝对母乳过分敏感，导致母乳喂养后，出现腹泻情况。可以尝试混合喂养，比方说两次奶粉中间喂一次母乳，或三次奶粉一次母乳，如果患儿的大便次数不多，不影响生长发育，不需要特殊的治疗。
可能与乳糖不耐受有关。乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又称乳糖酶缺乏症。需采用无乳糖配方奶粉替代喂养，待孩子适应后再服用常规配方奶粉。
母乳性腹泻的症状需要使用药物治疗，当宝宝出现腹泻时，如果是纯母乳喂养，还要考虑到母亲的饮食是否有变化，一些辛辣刺激性海鲜类以及含有酒精的食物是不能吃的，而且也不能吃得太甜了，吃得太甜也会引起这种症状，可以适当的服用一些药物，让宝宝快速恢复。