肾结石半夜疼的厉害的原因，肾结石在排出过程中会损伤泌尿系统的黏膜，如果结石较大，在进入输尿管狭窄的部位时，可以出现坎顿，导致疼痛难忍，严重的会出现肾绞痛。
在急性发作期的肾长结石就会出现肾脏绞痛，或者出现小腹部疼痛，临床上即使不排出体外，一般会持续24小时到48小时左右，但是肾结石在排出体外的时候，适当应用一些止痛药物或者消炎药疼痛就可缓解，平时要注意休息，不要多走动。
肾结石会导致痛苦，第一种是由石头引起的，主要是由于结石导致的。
输尿管是肾脏排尿的通道，容局部阻塞，可能会导致肾结石阻塞，出现明显的水肿，会导致局部的坠胀不适。当局部感觉到压力的时候，肾就会被一层薄膜包裹住，就像是一件外套，会让人的身体产生一种不舒服的感觉。肾结石和输尿管结石有很大的区别，一旦落在了输尿管里，就会有很大的痛苦。
肾结石的痛苦主要有肾盂阻塞、肾盏腔内压力增加、肾包膜张力过度等，还可能与肾脏结石的炎症、水肿、黏膜刺激、蠕动增强等有关。
疼痛的主要发生在腰部和腰部。但如果肾脏体积小，则可能会在肾盂或肾盏中移动，特别是在肾盂出口处和肾盏的颈段，使其发生强烈的运动。因此如果尿道突然阻塞，会导致肾脏聚集的牵引，导致肾脏绞痛。肾结石有明显的痛楚，主要表现为一侧的腰腹部有钝痛或隐痛，运动后会加剧。在肾脏或输尿管中运动并受到刺激的小结石会导致肌肉的抽搐。
肾结石外体碎石有一定的疼痛感。
通常情况下，肾结石患者在进行体外碎石术时，会感觉到不舒服，多数患者在碎石后会有痛苦，因为碎石过后，较细小的结石会顺着输尿管排泄，在排泄时会发生阻塞，使患者产生输尿管的抽搐，造成肾盂内部的压力升高，会使患者产生强烈的腰痛。这种痛苦主要是指绞痛，疼痛非常的强烈，需要立即去医院进行治疗，通过口服一些有效的镇痛药来减轻患者的痛苦，这样可以减轻患者的痛苦，直到将体内的毒素全部清除，这样的痛苦就会得到完全的减轻。