血管性偏头痛与三叉神经痛区别在与发病的部位不同，发病的症状也是有所不同的。1、血管性偏头痛：一般表现为前额部位头痛，发作之前通常有先兆，可能会出现周期性或轻重不同的单侧头痛。2、三叉神经痛：一般是在面部三叉神经分布的区域出现剧烈的疼痛，是常人难以忍受的神经性疾病，一般不会出现头痛的情况，三叉神经疼痛的时间一般在几秒、几分或几个小时不等。
偏头痛不属于三叉神经疼痛，三叉神经疼痛属于三叉神经附近的血管病变或者畸形压迫神经组织引起的疼痛。偏头痛与生活压力、内分泌失调等因素有关。偏头痛与三叉神经痛并无明显关系，临床上要注意鉴别，不可混淆，因为治疗方法不同。偏头痛是由于血管收缩和舒张功能紊乱而引起的血管性头痛。临床表现为单侧或双侧搏动性头痛，疼痛持续5-3天左右，伴有恶心呕吐等症状。非甾体类消炎止痛药物是治疗的主要方法。
在临床上，可以通过临床表现来确诊偏头疼和三叉神经痛。
偏头疼通常是有前兆的，主要症状是视力的减退，或有散射的闪烁的斑纹，这说明偏头疼的症状，在头疼的时候，可以看到额部和大量的一种波动性头疼，有些病人还会影响到另外一边的头疼。三叉神经痛通常是一边电灼样、针刺样、刀割样的疼痛，这种疼痛通常不会超出中间的位置，通常是一边头疼，一边不会出现头疼症状；也有一些人会出现两侧的头疼，这种头疼会在几分钟到一分钟之间。
之所以会发生三叉神经痛，肯定是由于三叉神经局部受到刺激。刺激可以来自于三叉神经周围的肿瘤、炎症、血管病变等引起，三叉神经周围由于血管和神经之间受到压迫所导致。
偏头痛跟三叉神经痛通常在病因、临床症状等有很大的区别。
偏头痛与情绪不稳定、睡眠不足、超负荷运动、神经细胞兴奋性紊乱、内分泌紊乱有关。三叉神经痛主要是由于神经损伤、精神压力过大、免疫功能异常引起的。偏头痛是一种单侧搏动性头痛，一般发生在颞部，由于颅内动脉持续收缩，可能会导致头痛，少数患者会出现眩晕、精神错乱、四肢无力等症状，持续10-30分钟或数小时。三叉神经痛是一种反复发作的面部疼痛，主要表现为电击样、刀割样、撕裂样或烧灼样剧痛，持续数秒至2分钟，睡眠时疼痛发作减少或不发作，发作时伴有疼痛性面肌抽搐、口角歪、皮肤发红、流涎等症状。
三叉神经痛是三叉神经分布区的短暂发作性闪电样疼痛，三叉神经痛确实会引起头痛和牙痛。不同之处在于牙痛的特点是持续跳动，而三叉神经痛是短期和神经样疼痛，长期疼痛无预警发生，并出现突发性、短期和剧烈疼痛。