先天性甲状腺功能低下症状通常是进食少、喂养困难、便秘等。
先天性甲状腺功能低是由先天性因素造成的甲状腺功能异常，大概超过95%的婴儿在出生时并没有明显的征兆。但是，部分婴儿发病后会有动作比较迟钝、容易打瞌睡的表现，需要叫醒以喂养婴儿，婴儿还可能会发出沙哑的叫声。此外，婴儿多有食欲不佳、吃得少、喂食困难、便秘、体温较低等表现，可能出现体长偏短、皮肤干燥、舌头大、脐疝、囟门大、面部浮肿等症状。
新生儿出生后一般都需要在出生三天左右进行足跟血的采集，就是甲状腺功能低下的筛查。因为甲状腺功能低下有可能会对孩子的智力发育，体格的增长产生非常大的影响。
很多孩子进行检查，会发现有甲状腺功能低下症状，或者有促甲状腺激素水平升高或者偏低的情况。如果出现有数值的异常，考虑进行复查。很多孩子在进行复查以后都会有明显的改善，而且很多孩子是可以达到正常范围的。一般并不需要特别的治疗。如果复查之后仍然存在甲状腺功能异常，可以考虑应用相关的药物进行治疗。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减或CH，是一种儿童时期的常见智残性疾病。前期往往不明显，如一旦发病，这是一种不可逆转的伤害，也叫呆小症，这种病一旦被人发现较晚，对于孩子的智力发育有极大的作用。在诊断甲状腺结节之前，应该先明确疾病性质和范围，再根据不同情况选择相应的方式进行处理。先天性甲减可使儿童身材矮小、智力低，医学普遍认为，如两个月后发现、早期治疗、终生用药，智力基本没有受到损害。若在10个月份被发现，此时处理，智商仅能达到80%的正常值。有很多人都有过类似的经历，就是孩子出生后，父母并无任何异常感觉或反应，但是随着年龄增长，这种现象逐渐加重，直到最后完全丧失生活自理能力为止。若是在两岁时被发现智力落后，它是一种不可逆转的破坏，此时处理亦无显著疗效。
由于先天性甲状腺功能对儿童生长发育、智力形成、大脑细胞的分化有很大的影响，因此，新生儿的先天甲状腺机能低下会严重地影响到婴儿的生长发育和智力的正常发展。
因此，如果一个婴儿的甲状腺机能下降，孩子的智商会下降，身高也会变得比常人要慢，不能够及时的察觉到这种情况，就会导致孩子的智商下降，或者是大脑迟钝。
新生儿先天性甲状腺功能低下的症状有：智力低下、表情迟钝、异常安静、不活泼、矮小、面部及手肿胀、聋哑、呼吸困难、黄疸、哭泣低、头发稀少干枯、四肢不温、脐疝、腹胀便秘、骨骼发育迟缓、胫骨上端及胸骨下端没有骺骨等。
先天性甲状腺功能低下是儿童期常见的智力障碍性疾病之一。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减，又称呆小症，一般早期无明显症状，症状出现后可能已为时过晚。一旦出现症状将严重影响儿童智力发育，导致身材矮小、智力低下。若能在2个月内发现，及时治疗，可长期保持甲状腺功能正常，智力基本恢复正常。如果10个月后被发现并治疗，智商只有正常的80%左右。超过2岁后被发现的话，智力发育会下降。