手术的过程中，通常会有麻醉，没有疼痛的感觉。激光在打石头的过程中，仅仅作用于石头，对人体的软组织不会造成损伤，是不会造成疼痛的。碎石术后，可能由于切口愈合会有轻微的疼痛，一般可以忍受。
激光碎肾结石通常指体外冲击波碎石术。一般情况下，单纯的进行体外冲击波碎石术痛感较轻，痛感一般在碎石排出过程中痛感强烈。具体分析如下：
在患者进行体外冲击波碎石术时，通常仅会在皮肤上出现针刺样的感觉，碎石结束后即可消失。但在结石碎开随着尿液从肾脏排出体外的过程中，有可能引起剧烈的肾绞痛，阵发性发作，直至碎石完全排出，痛感较为强烈。
冲击波碎肾结石对肾有一定的伤害，具体分析如下：
用冲击波碎石治疗肾结石肯定会对肾脏造成伤害。容易造成肾实质硬化、肾脏周围血肿，甚至出现肾脏萎缩，所以一定要严格掌握体外冲击波碎石的指征，2cm以下的肾结石可以尝试冲击波碎石，并且要严格控制碎石的频率，一个月内不能超过两次，间隔至少一周，一年内不能超过四次。碎石后可以口服排石药物，口服金水宝胶囊等保护肾脏功能的药物。
伤害不大的，但是如果不去做这个治疗，然后这个时候可以进一步增大，然后导致肾积水，然后肾功能下降，血肌酐升高，导致一侧肾脏萎缩的。非手术治疗一般采用中成药物的治疗。手术治疗有体外冲击波碎石、微创手术。多食菠菜、苋菜、空心菜、芥菜等。
肾结石使用体外冲击波碎石时，对肾脏存在轻微的伤害，所以不能长时间进行体外冲击波碎石，否则可能会引起肾单位缺失或者肾脏纤维化，甚至造成肾功能衰竭等。在碎石的频率上不能过于时间集中的进行碎石，至少要间隔7天以后才能进行第2次碎石，而且反复碎石的频率从原则上尽量不要超过4次，如果碎石超过4次以上结石没有任何变化，不建议再继续碎石，建议采用其它方式。
肾结石绿豆大小，尺寸应小于5毫米，对肾结石的治疗，可供选择的药物治疗方法有3种：
药物治疗通常用于肝胆系结石低于0.6厘米者，且无慢性炎症的患者，因结石患者绝大部分都合并感染，感染增加梗阻，因此，药物通常只会改善病症，而且无法将结石真正排出。患了肾结石，就喝排石汤，还可当茶饮，对排石有帮助。
手术治疗传统的手术治疗是指将无法避免地造成创伤。传统的手术取石，切口较大，损伤严重，复发率较高，风险较大、且恢复时间较长。对多发性结石患有慢性炎症的都不宜使用，手术对病人机体伤害比较严重，尤其对某些肾功能还不错的病人。手术切口处斑痕的产生，为结石复发提供了很好的温床，术中遗留的部分缝合线，亦成为结石产生的极好基地。