疱疹性咽峡炎后期会咳嗽，咳嗽是人体清除呼吸道内的分泌物或异物的保护性呼吸反射动作一般由感冒引起。得了疱疹性咽峡炎不会有咳嗽反应。虽然感冒与疱疹性咽峡炎均属于急性上呼吸道感染但疱疹性咽峡炎的病灶主要在于咽、软腭、悬雍垂(口腔中软腭后缘正中悬垂的小圆锥体。
疱疹性的咽峡炎会出现咳嗽，但是此时的咳嗽往往是刺激性的干咳，不太严重，也不会太深。出现疱疹性咽峡炎的时候，咽喉部会有疱疹，所以会刺激咽喉部出现咳嗽。另外，咽喉部还会有充血和水肿，还会有少量的炎性渗出物，也会刺激咽喉部以及气管出现咳嗽。
小儿晚上咳嗽，白天不咳嗽，首先要考虑是呼吸道疾病。最为常见的是气管炎、咽炎、扁桃体炎等呼吸道感染性疾病。在夜间睡觉的时候，身体处于平躺状态，时候腹部的膈肌就会上提，容易导致肺部舒张受限，就会出现晚上咳嗽加剧的情况。
白天咳嗽少晚上咳嗽多的原因是因为晚上的气道反应很高。主要也是因为晚上的空气寒冷，很容易导致剧烈咳嗽的现象，但是也需要及时观察自身的症状，以免出现变异性的哮喘。也需要结合自身的家族史，如果家族史当中有哮喘，疾病的人群，要到医院做血常规检查，也可以结合肺功能检查，查看是否患有了哮喘。如果患有哮喘，要结合哮喘疾病类的药物治疗。
晚上不咳嗽，白天咳嗽，考虑是慢性咽喉部炎症，或者是白天接触到刺激性的化学气体引起的刺激性咳嗽，和过敏因素也有关系。首先观察一下咽后壁是否有增生的淋巴滤泡，是否有扁桃体增生肥大的现象。
白天不怎么咳嗽晚上咳嗽的厉害，考虑应该是咳嗽变异性哮喘，特点是发作性的刺激性干咳，每因感冒，受凉，运动或者接触变应原后马上出现咳嗽。发病的机理是气道的高反应性，气道痉挛，而不是感染导致的炎症。