肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘是最为常见的肛肠科疾病之一，表现为反复的红肿疼痛。肛门附近有渗出，对病人的健康造成很大的影响，多见于肛周脓肿后。可以到肛肠科就诊，诊断明确以后需要及早手术，平时多吃蔬菜水果，补充维生素，多运动，粗粮保持大便的软化，不能抽烟喝酒。
微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用洗剂坐浴或者外涂药膏进行治疗。另外可以使用中药治疗，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的病人可以切开引流治疗。