目前对于临床已经确诊为间质瘤，如果没有手术禁忌，应当考虑进行手术治疗。虽然胃间质瘤生长较为缓慢，但是有潜在恶变的倾向，无论直径大小均应当考虑及时处理。目前对于胃间质瘤，可以腹腔镜下手术治疗。对于胃体和胃底的胃间质瘤应当考虑行胃楔形切除术。切除的范围应当距肿瘤1-2cm，不仅要完整切除肿瘤，还应切除部分正常的胃壁组织。
及早进行手术治疗，手术切除后做病理检查，以确定诊断后，再考虑下一步的治疗方案。如果伴有核分裂像则属于低度恶性肿瘤，但无论良恶性肿瘤均易复发，所以需要定期复查。
胃间质瘤0.8cm可以手术切除，胃间质瘤的手术切除要采取个体化的手术方案，只要适应证选择适当，腹腔镜胃间质瘤切除术与剖腹手术同样有效，而且是一种微创的手术方法。治疗期间要少吃辛辣刺激性食物。
胃镜下胃间质瘤切除方法有ESD剥离术，隧道法和全层切除法是剥离术主要的方法，隧道法就是在胃黏膜下打隧道，找到病变挖除，然后把隧道口封闭，ESD挖除法指将黏膜表面剖开，把病变直接挖除。
可以，胃间质瘤在国际范围内有明确的治疗指南，有行业的共识，是否需要手术是有明确的指征的，往往是依据病变的大小来判断。当肿瘤直径大于两公分以上，认为有手术指征，但是针对两公分以下的是否需要手术有一定的争议。
胃肠道间质瘤是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，占消化道间叶肿瘤的大部分。可进食软饭，主食与配菜宜选营养丰富，易消化食物。忌食生冷、油煎，酸辣等刺激易胀气食物，避免辛辣，碳酸饮料，避免过酸、过甜的食物。