卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
一般来说，宫颈囊肿是一种慢性宫颈炎，要根据自身的情况来选择治疗。
1、体积小于1cm的单发宫颈囊肿，若为出现不适症状，可以先不用治疗。
2、宫颈囊肿体积大于1cm，可以选择钳夹、电灼、冰冻等方法治疗。
如果出现宫颈囊肿，伴随白带量增加、白带发黄、异味等症状，可以口服消炎药物进行抗感染。宫颈囊肿有可能合并宫颈息肉、宫颈糜烂等宫颈炎综合征，患者可以通过波姆光、超声聚焦等方式进行治疗。
腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
脚背腱鞘囊肿的治疗主要是非手术治疗或者外科治疗。
脚背腱鞘囊肿是由于脚背和足踝部的关节活动频繁，在活动时会受到很大的压力。如果发现有腱鞘囊肿，可以选择非手术或者外科。一般采用挤压法、穿刺等非手术方法，挤压法可以使腱鞘囊肿破裂，慢慢的自行吸收，但也有一定的复发率。与关节腔相连的囊肿不易破裂，可以通过穿刺取出囊液，再用肾上腺皮质激素或玻尿酸酶进行压迫包扎。如果其它治疗方法不能奏效，则可以通过外科手术将其切除。在手术后一定要避免剧烈的运动，以免再次发生。甚至外科手术都有复发的可能。
舌骨囊肿一般有两种治疗方式
1.非外科治疗。目前非手术性的手术方式是用腐蚀液来烧灼瘘管，但是这种方式对患者的效果并不理想，需要外科手术。
2.外科治疗。外科处理方式是病人仰面躺下，头部向后倾斜，在最突出的位置开一道横向切开，将胸、舌、骨之间的肌肉纵向分开，露出里面的包膜，然后用镊子夹着囊肿与瘘管之间的表皮，将其分开，直到与舌骨区分开。
一般情况下，对于骶管囊肿的诊断，要结合临床表现进行初步筛查。如果出现臀部、骶尾部、会阴部等部位疼痛、麻木、尿频、尿急、里急后重、坠胀感、大腿外侧疼痛等症状时，建议做腰骶部核磁共振。
MRI是诊断骶管囊肿的一个重要指标，它不仅能确定骶管的病变，还能了解囊肿的大小、范围和数量，以及对神经根的压力，以便进行相应的治疗。
