支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
衣原体支原体肺炎用罗红霉素、阿奇霉素、莫西沙星、诺氟沙星等药。
如有肺炎支原体或者是肺炎衣原体，可以口服罗红霉素、阿奇霉素等抗生素，也可以口服莫西沙星、诺氟沙星、左氧氟沙星等抗生素，也可以口服四环素类的抗生素，比如米诺环素等。同时要注意对症处理，发烧可口服布洛芬，咳出痰可口服厄多司坦胶囊。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
女性衣原体支原体可以通过以下方式进行治疗：
女性衣原体支原体可以通过中药治疗。也可以进行理疗，能够迅速缓解症状，控制炎症的发展。并且患者平时要少吃一些辛辣的东西，多吃一些清淡的东西，比如酒、海鲜、韭菜、羊肉等，多吃一些发物。建议到正规的公立医院进行详细的检查和处理。
支原体、衣原体可能会引起咳嗽。
支原体、衣原体很可能会进入气道，引起咽炎、肺炎等疾病，引起顽固性、严重的咳嗽、伴有少许粘液、乏力等症状。如果出现支原体、衣原体感染，一定要到正规的医疗机构进行治疗。
另外，生活中要注意保持房间里的环境干净，多吃一些容易消化的食物，多饮用一些白开水。
支原体衣原体感染会影响怀孕：
泌尿生殖道感染支原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎，表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，部分病人无症状。女性主要为非淋菌泌尿生殖道炎，表现为白带增多，尿道灼热或引起盆腔炎，输卵管炎等而引起不孕，流产和宫外孕.所以如果发现有此问题，最好是在医生的指导下进行有效的治疗。
