肾积水主要的治疗是解除肾积水，不然长期积水容易引起肾实质受压，而导致肾功能减退，甚至肾衰竭而进入尿毒症期。要明确病因，常见的泌尿系结石或肿瘤引起的梗阻，还有前列腺增生引起的梗阻。治疗上要祛除病因，结石引起的通过排石，手术等治疗，肿瘤引起需要手术切除。
肾积水绝大多数都可以治疗好，特别是积水程度不重。如果积水程度很重，即使手术后肾脏积水只会部分缓解，不可能彻底恢复到与生病前一样的状况。肾积水治疗的主要目的避免肾功能损害，找到引起积水的原因，将引起积水的原因去掉，肾积水就会自然而然的缓解。
应及时的进行手术，这种疾病需要查清积水的原因，肾积水的原因主要包括结石，输尿管狭窄，输尿管有疤痕或者尿液引流不畅等。对于肾积水患者的治疗，需要在消除病因的基础上解除梗阻，改善肾功能，缓解症状，合并感染者应给予抗生素治疗。
肾积水很多疾病都会引起，如肾盂输尿管连接部狭窄、肾结石、输尿管结石、输尿管肿瘤、输尿管狭窄以及下尿路梗阻。最常见的就是前列腺增生、膀胱结石、膀胱颈挛缩，输尿管外受压，输尿管外的异位血管或者神经纤维束压迫，也会导致肾积水。
首先要做的就是先解决肾积水的问题，如果比较轻微的话，可以在医生的帮助下放双J管到输尿管中，这样可以帮助把肾脏的积水导致下来进入膀胱，然后排出。因为肾积水如果不过早处理的话，对肾脏功能会导致不可逆的损伤，一般超过24小时就开始有损伤了，所以需要引起重视。