一般来讲，阴茎根部长痘痘的原因有很多，具体原因如下：
1、阴茎根部脂肪瘤。脂肪瘤是一种良性的肿瘤，其特点是皮肤下有平滑的结节，没有明显的临床症状，一般都是通过外科手术来去除。
2、阴茎根部的毛囊炎。毛囊炎是一种由毛囊引起的细菌感染引起的，其症状是局部的包块，并伴有红肿、疼痛。可以在医生指导下服用一些头孢类的药物，可以在医生指导下外用百多邦软膏。
3、皮脂腺囊肿。如果是由于皮脂腺管的开口阻塞，也要做外科手术。
可以去男科或者泌尿外科检查，其临床表现多见于局部瘙痒、红肿、糜烂、甚至成溃疡，出现分泌物、有异味等，严重情况下可以有发热、寒战全身症状，甚至阴茎肿大、疼痛等，避免不洁性生活，穿衣要宽松，饮食禁忌辛辣刺激等。
到皮肤科门诊面诊，做一下醋酸白实验，排除一下尖锐湿疣，尖锐湿疣，会越来越大，而且数量增多，尖锐湿疣最主要的传播途径是性交，可因接触病人使用过的物品传播而发病，如内衣、内裤、浴巾、澡盆、马桶圈等。
阴茎根部长了痘痘很疼，常见的是毛囊炎，它是红色的丘疹，表面可能会有脓疱，然后按压会有明显的疼痛，治也有可能是尖锐湿疣，是性病的一种，是人乳头瘤病毒感染之后导致的。表现是菜花样的或者是鸡冠样的赘生物，比较硬，容易出血，治疗的情况下可以选择激光，然后局部外涂抗病毒的药膏。也不能除外皮肤肿物，疥疮结节等，需要医生面诊确定。
放松心情，有可能是上火引起的粉刺什么的，也有可能是病毒引起的尖锐湿疣，皮肤表皮感染比如毛囊炎皮下皮脂腺分泌旺盛堵塞都会导致皮下感染。毛囊炎导致化脓的可能性大，注意个人卫生，禁辛辣，刺激性食物，穿宽松内裤，定期做常规体检。
多是由于上火引起的局部毛囊炎造成的，如果没有红肿疼痛不必进行处理，反之建议积极的服用药物和对症治疗很快就会好转的，不必过于担心。应该是属于会阴区的皮脂腺囊肿的情况可能性比较大。首先注意卫生，勤洗澡，防止发生感染。实在不行可以考虑手术切除囊肿～如果没有感觉可以暂时观察保守治疗，不做特别处理。