二甲双胍副作用不大，胃肠道反应，部分患者服用二甲双胍后可能出现上腹部不适、恶心。肝、肾毒性，出现在少数患者中，肝、肾功能不全的患者中禁止使用二甲双胍。最后还有乳酸酸中毒和药物过敏。
此药副作用可能导致低血糖，轻则立即服糖水或进食可缓解，重则需静脉滴注葡萄糖。也可引起胆汁郁积型黄疸以及皮疹或血象改变如白细胞和血小板减少，偶可引起胆汁郁积型黄疸.皮疹或血象改变如白细胞和血小板减少。
长期服用可以引起吸收不良，减少维生素B12在肠道的吸收，时间较长，使血红蛋白减少，产生巨红细胞贫血。还有的会出现消化道症状，比如恶心，呕吐，腹泻等，有时会出现乏力，头晕，皮疹等症状，极少一部分可以出现乳酸性酸中毒。
二甲双胍主要的副作用是胃肠道的反应，如恶心、腹部不适、腹泻。还有极少数患者可出现皮疹、荨麻疹。二甲双胍可以抗血小板聚集、降脂，但要掌握好它的禁忌症，如有严重的肝肾功能不全的糖尿病、严重感染缺氧、接受大手术的患者，暂时不要使用。
二甲双胍表现为食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、胃痛、口中金属味。可在不同程度上减轻以上的不良反应。有时会有乏力、疲倦、体重减轻、头晕、皮疹的情况。目前没有好的替代药物，当出现胃肠道反应时，可以先观察看看。
二甲双胍最主要的副作用是消化道反应，常见的是恶心、呕吐、腹泻、腹痛，甚至部分出现胃酸增多等，此类副作用通过合理的剂量选择，可以避免发生。缺氧性疾病或心衰应用二甲双胍可诱发乳酸性酸中毒，应避免应用。
