首次治疗及完整切除肿瘤发现间质瘤的首次治疗极为重要。恶性胃间质瘤治疗方法如果采用合理的首次治疗疗效明显提高，目前治疗恶性胃间质瘤，除了可以选择传统的治疗方法外，还可以选择中医治疗。
手术治疗。食管间质瘤是原发于食管的间叶源性肿瘤。瘤体较小，多为良性，早期多有吞咽困难。只能表面如果出现糜烂或者溃疡可有出血现象。发病原因尚不清楚。手术切除是首选的治疗方法，有恶性倾向的食管间质瘤需要行食管部分切除术。食管间质瘤对放疗和化疗均不敏感。
有可能是有一定的胃肠功能的紊乱，但也可能是一定的，肝脏方面的异常导致出现的情况的。主要是看一下具体是否有这些方面的疾病。出现呕吐的情况，必须明确一下具体的原因，然后进行对症治疗的。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。