可能与乳糖不耐受有关。乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又称乳糖酶缺乏症。需采用无乳糖配方奶粉替代喂养，待孩子适应后再服用常规配方奶粉。
纯母乳三个月宝宝腹泻需要寻找原因，应该先到医院进行大便常规的检查，如果大便当中有炎症需要考虑肠炎，反复的出现肠炎需要考虑乳糖不耐受或者是肠道过敏的可能，还需要进行乳糖耐受试验或者是过敏原的检测。大便当中没有炎症应该考虑消化功能不良引起，需要减少每次喂奶的奶量增加喂奶次数，按摩腹部改善胃肠功能，可以口服肠道微生态制剂改善肠道微生态环境。
三个月婴儿拉稀首先考虑是感染肠炎了，是一种消化功能紊乱的综合征，给孩子喝一些调节孩子肠道的菌群，同时也要给孩子多喝水，保证孩子体内充足的水分，避免孩子造成脱水的现象，注意孩子的保暖，避免孩子受凉加重病情，也要注意让孩子在饮食上做到少量多餐，避免孩子消化不良引起高烧，注意室内温度和湿度的适宜，充分保证宝宝的休息。
小孩子高烧首先要退烧，在中医来说，小孩脏腑娇嫩，形气未充，很容易感邪致病，首先这个时候还要结合孩子的体位来进行判断，如果体温很高的话，这个时候有可能就是因为，高烧导致的，还是消化不良。
宝宝总拉肚子首先需要注意饮食，尽可能的采用少量多次的饮食方式，如果已经添加辅食了，这段时间就不要新添加辅食了，可以维持原有的辅食。如果是母乳喂养的孩子，妈妈尽可能吃一些容易消化的食物。
不会影响到宝宝，可以继续母乳喂养。但是如果一些母亲是有比较严重的腹泻性疾病、感染性疾病，像细菌性痢疾或者是某些特殊的病毒感染，暂停母乳喂养，可以暂时进行人工喂养。