胚胎停育发生是由于胚胎染色体异常。当存在胚胎停育的主要危险因素，包括胎儿父母的年龄较大、孕妇子宫畸形、盆腔感染与免疫病；弱危险因素包括既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期咖啡因，吸烟，酒精暴露、肥胖、甲状腺功能不全等可能发生胚胎停育。
胎停育的原因很多，包括母亲的因素，外界环境因素，夫妻双方基因问题，胚胎自身发育因素，一旦确诊胎停育，需要尽快处理，以防出现凝血功能障碍。应该查找一下胎停育的原因，作为下次怀孕的指导，以防发生再次胎停育。
造成胚胎停育的原因是很复杂的，大多数时候只是因为胚胎自身质量问题，是染色体突变的问题。发生几率本身在人群就占15%左右，所以一次的胚胎停育一般不找原因，下次怀孕之前可以先做孕前检查，比如甲状腺激素优生项目，血糖，血脂，血尿常规，支原体，衣原体等。
导致胎停的原因有很多，如果女性自身的内源性激素不够，就会造成胎停，免疫性，内分泌异常，子宫缺陷，营养缺乏，环境因素等都有可能导致胎停，男性精子活力不足也会导致胎停，所以男女双方都去做一下全面检查的。
胚胎停育的原因很多，包括染色体异常、免疫因素、内分泌因素、解剖因素，感染因素、环境因素等。多数是本身胚胎质量不好，染色体有问题，大自然优胜劣汰的结果；其他母体身体因素如内分泌不好、子宫畸形、子宫较大肌瘤等，此外环境因素、孕前或者孕期接触大量放射性和化学物质，感染细菌、病毒、原虫等也可以导致胚胎停育。
个人的身体素质都是不同的，建议问一下医生地意见，胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。