一般情况下，灌肠若按照正确的操作方法则无危害。具体分析如下：
通常来讲，灌肠是将药物灌入直肠内达到其治疗的目的，一般分为清洁灌肠和保留灌肠两种。其中，清洁灌肠适应于结直肠手术的术前准备、内镜检查前的肠道准备，还可以用于粪便嵌塞的治疗等。而保留灌肠一般对药物的量、温度有严格的要求，如温度在36度左右，药物常用量在50至100ml，此方法是治疗直肠肛门疾病和妇科炎症的常用方法。
宝宝肠套叠需要在医生指导下进行灌肠。
宝宝患有肠套叠，给宝宝进行灌肠处理是不会有太大的危险的，家长不用过于担心。而且给宝宝灌肠主要是给宝宝的肛门打气到一定的压力之后，会将套叠部位的冲开，缓解病情。在做了灌肠方法之后，一定要注意护理，而且要注意清淡饮食。尽量采取少食多餐的原则，多喝水有利于避免肠套叠的再次发生。
灌肠是将一定量的液体流入肛门，经直肠灌入结肠，以帮助患者清理肠道、排便、排气或者由肠道供给药物或营养，达到确定治疗或者治疗目的的方法。将灌肠的管子插在肛门上十厘米左右即可，不可太过于深，也不要出现溢出的表现。
中医治疗输卵管堵塞，成本低对身体损害小，主要是依靠有效的中药进行灌肠，来治疗输卵管堵塞疾病。中医认为输卵管疾病，主要是因为湿邪热毒，侵入了胞宫形成血瘀，堵塞在宫腔或者输卵管内，造成脉络闭塞而发病。治疗方法主要以清热祛湿，解毒通络，活血化瘀相结合，配合黄芪、黄柏、蒲公英、紫草、地丁、丹皮等药物，达到清热凉血，祛瘀散结的功效。
通常情况下，盆腔炎灌肠后可能会出现腹胀或者排便有紧迫感，有的病人可能会出现腹泻
盆腔炎分为急性和慢性，在使用抗生素进行治疗时，还可以用中药来进行灌肠治疗。一般中药灌肠对慢性盆腔炎没有危害，药物进入直肠缓解炎症，促进盆腔积液消散，从而达到消炎的目的。而对于急性盆腔炎患者，炎症发作时一般不建议灌肠，这时灌肠害容易引起炎症扩散，建议治疗4天左右再进行灌肠治疗。但是灌肠也有一定副作用，可能会导致含着腹胀、排便有紧迫感或者出现腹泻的情况。
通常情况下，小儿叠肠灌肠后出现腹泻是很常见的现象。灌肠可以减轻肠胃的压力，帮助消化道排泄。另外还需要进行静脉营养和抗生素的注射。随时注意病情的变化，如不能改善，必须尽快进行手术，避免延误。由于儿童的各项器官还不十分成熟，免疫力也比较低，建议平时要做好相关护理，避免受到疾病的侵袭，一旦出现不适要及时就医治疗。