药物并不是治疗肛周脓肿的方法，肛周脓肿，必须切开引流而且，需要完全充分暴露创面，同时促进伤口愈合才可以的。一般治疗可以口服药物，或者进行必要的消炎也是没有作用和效果，而且需要避免直接压迫摩擦情况出现，同时手术需要彻底恢复一个月时间。
肛门脓肿严重。因为发病比较急，疼痛比较厉害，短时间内可以沿着肛周的脂肪间隙蔓延。如果是慢性的肛周脓肿，一般形成脓肿会有一个过程，疼痛不是特别厉害，全身症状不是特别重。
肛周脓肿病人有明显的红肿和热痛症状。如果脓肿受压时有波动感，则表明有更多脓。腰硬联合麻醉下，肛周脓肿的切开引流手术需要及时进行。由于伤口部位特殊，切开后恢复相对较慢，手术后一个月左右才能恢复。可以每天洗个热水澡，保持口腔清洁，促进愈合。
医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
需要综合治疗，如穿刺吸脓、抗炎和营养支持。到医院普外科或肝胆外科进行治疗，并定期接受治疗。病人需要保持愉快的心情，注意休息，避免疲劳，不喝酒，不吃辛辣食物，并保持正常的生活习惯。
肛周脓肿的临床主要表现为疼痛剧烈，并且越来越。脓肿溃破后，疼痛可暂时有所缓解。位置较低的脓肿表现为肛门剧烈的疼痛，并且疼痛持续不减轻。直肠周围的脓肿主要表现为局部坠胀和便意感及发热症状。此外有的病人还会出现大小便不畅、纳差失眠的症状。