这种结石的治疗手段有很多，大部分都是采用手术的方法来治疗，效果也是非常好的，常用的排石治疗药物包括利尿剂扩张输尿管平滑肌药物，抗炎及抗水肿药物，常用的扩张输尿管药物包括，α受体阻滞剂，抗炎及抗水肿药物。
体外碎石效果不是很明显，冲击波碎石的疗效主要取决于结石的硬度，部分病患的结石硬度比较低，可以选择体外碎石，部分病患的输尿管结石比较小，但是体外冲击波碎石的疗效并不确切。
输尿管结石，得依据结石大小，如果达到一厘米以上容易发生输尿管阻塞，如果位置合适，不会影响肾脏，可以考虑做体外碎石治疗的。结石偏大，有时导致结石碎不掉，或者是碎掉以后，残渣直径还大，不能排出输尿管，还得需要再次碎石。
输尿管结石可以考虑做体外碎石治疗。体外碎石与一生的技术水平相关有时可能导致结石碎不掉或者是碎掉以后残渣直径还大不能排出输尿管有的想清除还需要2到3次才能完全解决掉。
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主要方法有保守治疗、体外碎石、输尿管软镜碎石以及腹腔镜下输尿管切开取石术等。保守治疗适合5mm以下的结石，多活动多饮水大部分可以自行排出体外。2cm以下的结石可以体外碎石。输尿管软镜以及腹腔镜下切开取石，对大部分输尿管上段结石都适用。