寻常疣和扁平疣都是由人乳头瘤病毒引起的。但由于其感染的种类不同，其临床表现也不同。
扁平疣是一种豆粒大小的扁平丘疹，通常是豆子大小，也就是芝麻大小。寻常疣通常是花生米大，稍大一点，小一点的则是豆子。这种皮肤比较大，比较粗糙，比较坚硬的那种。常见的是寻常疣。两者的症状相同，都是乳头瘤病毒，但症状不同。
眼部扁平疣和脂肪粒的区别如下：一、病因不同，扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的疾病，脂肪粒是因为皮脂腺导管角化，皮脂分泌堵塞造成的；二、临床表现不同，扁平疣主要表现为扁平的丘疹，颜色为淡褐色，脂肪粒为圆形的丘疹，颜色为淡黄色或乳白色；三、传染性，扁平疣具有传染性，脂肪粒没有传染性；四、治疗方法不同，扁平疣可以采用激光、冷冻、外涂药膏进行治疗，脂肪粒一般是用针挑破，挤出脂肪颗粒，也可以用二氧化碳激光治疗。
传染性软疣不属于扁平疣。
传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病。而扁平疣则是人乳头瘤病毒感染引起的病症。两者是完全不同的病症，并无从属关系，但都会对患者的身体健康造成一定的损害，需及时进行治疗。
患者需注意做好环境消毒，避免出现交叉感染的现象。
丝状疣：像小肉刺一样的丝状疣。北方叫小揪或小布袋。多生长在颈部和腋窝。寻常疣：南方称鱼鳞北方称瘊子多生长在手、足部位。传染性软疣：又称水瘊。其外形像水痘，中间有一脐窝眼。身体各部位均可生长。尖锐湿疣：属性病。其外形像菜花。多生长在生殖器部位。
扁平疣和寻常疣都是病毒感染引起的疾病，点评主要表现为面部或者其他部位出现扁平丘疹，淡褐色至正常肤色，表面光滑，可以逐渐增多，有一定的自体传染性，经常有表现为发作部位出现表面粗糙的，典型的皮疣是米粒至黄豆大的扁平隆起性的丘疹，圆形或者是椭圆形表面光滑或者质硬。综上所述寻常疣和扁平疣的区别还是比较典型的，但在治疗上采用的方法基本上都是一样的。