口腔溃疡是有一定自愈性的，大约一周左右就会自愈，和很多因素都有关系，比如机体的抵抗能力，平时吸烟饮酒，食用辛辣刺激性的食物，可以用些促进伤口愈合的药水或者凝胶涂抹。
口腔溃疡需要洗掉溃疡表面的食物残渣及菌斑，之后使用治疗药物减轻溃疡疼痛，需保持口腔卫生，饭后漱口、刷牙，减少菌斑。口腔溃疡是口腔黏膜科常见的一类口腔黏膜疾病，口腔溃疡常见表现为口腔黏膜表皮的缺损。
口腔溃疡的治疗主要分为诊室的治疗及回家后的护理。诊室治疗主要是双氧水和生理盐水交替冲洗，洗掉溃疡表面的食物残渣及菌斑，之后使用药物治疗，以减轻溃疡疼痛。回家后的护理需病人保持口腔卫生，饭后漱口、刷牙，减少菌斑，有利于溃疡的愈合，延长溃疡的静止期，避免溃疡在短时间内不再复发。
在初期口腔溃疡发作之后，患者可使用醋酸地塞米松口腔贴片治疗，能够促进溃疡症状尽快好转，帮助抑制重症口腔溃疡形成。
意可贴所含醋酸地塞米松口腔贴片作为激素药，有较强的抗炎、抗过敏功效，安全剂量使用不易对人体造成代谢负担，患者可在溃疡黏膜、红肿尚未破溃时尽早使用意可贴醋酸地塞米松口腔贴片，有助于预防溃疡形成。使用之后，患者约五分钟左右可感受到明显的溃疡疼痛、肿胀缓解，使用两片后，多数口腔溃疡患者的创口可逐渐愈合。注意在用药期间保持饮食清淡，少吃辣椒、炸物等，尽量减轻食物对黏膜的局部刺激。
如果溃疡复发频率较高，还可以联合口服药物治疗，如维生素C片、B族维生素片等药物，可辅助消炎镇痛，有利于促进溃疡尽快愈合，避免其进一步加重。
口腔溃疡的治疗，以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。引起注意的是，经久不愈，大而深的舌头溃疡，有可能是一种癌前病损，极易癌变，必要时做活检已明确诊断。
丁香能抑制细菌及微生物滋长，可用于牙科口腔治疗。取公丁香适量，水煎漱口，可以治疗牙疼、口腔溃疡、口臭等口腔问题，所以可以称为天然中药口香糖。实验证明富含1%浓度的丁香的乙醚浸出液，水浸液或含8%浓度的丁香煎剂的沙伯氏培养基，对许兰氏黄癣菌、白色念珠菌等多种致病性真菌均有抑制效果。