有副作用，麻醉风险:治疗期间可能发生麻醉事故，偶尔麻醉后可能出现后遗症等。呼吸困难:由于儿童在检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，造成呼吸困难；低氧血症:一些高度反应性的儿童会遭受严重的支气管痉挛。
气管镜下肺减容术治疗肺气肿的效果是非常显著的，经过治疗之后，95%的患者有明显的改善，但是轻度肺气肿患者并不适合此项治疗，而中度肺气肿患者经过治疗之后，症状没有明显的改善，此时可以评估是否可以做支气管镜下肺减容术，患者通过气管镜下肺减容术后，感觉胸闷气短的症状得到了很好的改善，比较适用于一些重度肺气肿患者。
支气管镜检查后应严格卧床休息，避免剧烈活动；为防止吸入或咳嗽等麻醉并发症，应在两小时内避免进食，也不要不要喝水；尽量不要进行重的体力活动，特别是用力咳嗽，如果用力咳嗽或者做体力活动以后，会引起咯血。此外，支气管镜检查一般需要侧位。少数患者术后会出现咯血，拉咯血量大，会进入正常支气管，有窒息的危险，因此，术后需采取侧卧位。由于喉咙有麻药的作用,咽喉部会有不适觉，建议不要用力的咳嗽。出现发烧需要与肺部感染鉴别。
中央型肺癌可以通过支气管镜确诊，周围型肺癌需要通过超声支气管镜，如附有电磁导航的支气管镜取活检进行病理诊断。通过支气管镜还能检查的疾病包括肺部感染患者、支气管内膜结核患者、异物误吸患者、气管狭窄患者等。
气管镜是在气管内经行操作的检查和治疗。要从病人鼻腔注入麻醉药物，减少检查时痛苦。将气管镜经鼻腔植入插入气管内，气管镜影响光源设备，观察气管内是否有病变，抽吸痰液缓解病人呼吸困难。
