有四种可能，指甲营养不良，甲真菌病，外伤后或者某些皮肤病的甲改变。去医院就诊，先进行全身检查看是否伴有其他部位的皮肤损害，如若没有，进行甲屑真菌检查，排查灰指甲后，考虑甲营养不良可能性大，可以进一步完善微量元素检查，针对性补充微量元素。
手指上凹凸不平首先要除外局部磕着碰着引起的，然后再来根据身体是否有其他症状判断是否与某些疾病相关，如糖尿病、麻疹、肺炎、外周血管疾病、腮腺炎等，但也不能通过单一症状得出结论，建议进行相关检查再行确诊。
手指甲盖凹凸不平常见由甲癣、缺乏维生素A等因素引起。
1、甲癣：手部卫生条件差就可能患有甲癣，该疾病容易导致病甲出现变形、浑浊、增厚、分离、变色等情况，所以可能表现为手指甲盖凹凸不平，可遵医嘱使用环吡酮胺乳膏、盐酸特比萘芬溶液等药物治疗。
2、缺乏维生素A：患者存在长期挑食的情况导致体内缺乏维生素A，便容易使得角质化减弱，导致指甲出现变软、变薄、易断裂、变形等症状，因此缺乏维生素A也可能造成手指甲盖凹凸不平，通常可适当多吃胡萝卜、菠菜、鸡蛋等富含维生素A的食物进行改善。
如果我们指甲凹凸不平有小坑那可能是因为身体素质比较差，或者是缺乏维生素引起的，平时要调整好生活和饮食，作息规律，不要熬夜，饮食搭配合理，多吃新鲜蔬菜水果，吃清淡温和的食物，不要偏食，不要吃辛辣刺激性的食物，保持心情舒畅，适当参加户外活动，增强体质。
指甲盖凹凸不平可能是营养不良、湿疹、甲癣等原因导致的。
1.营养不良：营养不良可能会导致缺乏微量元素，影响甲母质的正常供给，从而使指甲的合成甲板产生不规则的形状。
2.湿疹：如果有湿疹，可能会导致炎症性病变，造成指甲盖凹凸不平。
3.甲癣：抵抗力低下可能会导致指甲缺乏免疫功能，容易被真菌感染，引起甲癣，造成指甲出现病变，导致指甲盖凹凸不平。
一般情况下，大拇指甲盖凹凸不平可能是缺钙、甲癣等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：如果患者存在营养不足的情况，体内可能会缺钙，可能会对指甲的生长造成一定的影响，可能出现大拇指甲盖凹凸不平的情况。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗。
2.甲癣：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者大拇指甲盖凹凸不平，还可能变脆、发黄。患者应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬软膏等进行治疗，以免病情进一步发展。