孕期巧囊不需要处理，但有破裂的风险，孕期需要减少剧烈运动，避免腹部受到挤压撞击，出现剧烈腹痛及时就医。分娩方式取决于产力、产道、胎儿和孕妇的心理状态，与是否有巧囊没有关系，一般不会因为有巧囊做剖宫产。最后用什么方式分娩，还是要在足月以后听产科医生的意见。
治疗巧克力囊肿挂妇科。巧克力囊肿如果超过五厘米以上，是需要手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法，如果做手术，可以做腹腔镜手术。
巧克力囊肿的症状有月经量增多、痛经、有血块。会出现经期下腹部疼痛且疼痛逐渐加剧。手术治疗是比较好的治疗方式，药物可以抑制病情，不能彻底的治好，对于巧克力囊肿，应该考虑手术，治疗时要谨遵医嘱，根据个人的身体情况，制定专门的治疗方案。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
年轻的女性在还没有结婚的年龄就会发现有巧克力囊肿。做了手术1-2年以后，病人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿最典型的一种症状是进行性加重的痛经，痛经随着年龄的增长疼痛会减轻。但子宫内膜异位症引起的痛经是进行性加重，随着年龄的增长会越来越重，最后可能需要一些药物来止痛。