需要三个月左右才能治好。巧克力囊肿是子宫囊肿的一种，属于良性病变，会伴随有增生、转移、复发等情况的出现，而且会造成痛经、月经失调等，因此建议还是及早治疗比较好，需要服药三个月左右进行巩固治疗，另外需要随时复查。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。形成巧克力囊肿时间是比较久的。调整好自己的心态。有些时候，心理上的压力会导致月经异常。精神上受挫折、压力大等负面情绪，均会造成月经异常，所以女性朋友必需调整好自己的心态，保持良好的心态非常必要。
巧克力囊肿治疗时间是不确定的，要看病人的病因以及地方，不同地方治疗费不一样的，巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
巧克力囊肿是一种比较常见的妇科疾病，多见于年轻女性。巧克力囊肿的患病原因很多。主要是由于子宫内膜异位所引起的。同时与外部因素、遗传因素也有一定的关系。因为巧克力囊肿早期并无明显症状，巧克力囊肿采取穿刺抽液术，虽然可以比较大的程度保留生育功能。是二次复发的风险也比较低。一般半小时内就可以解决了。
巧囊是子宫内膜异位症的一种，一旦发现，临床原则是手术治疗。巧囊属于两性病有向恶性发展的机率，有些人会出现痛经、性交痛、月经血块，一般来一次月经会加重一次病情，甚至还会影响生育。现代医疗水平先进，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。及时治疗不会影响。