会有并发症比如出现轻微的疼痛，无力等，是比较常见并且对身体威胁很小。微波消融术术后综合症有低热，身体不适应等现象，发作持续时间和微波消融引起的组织坏死的体积和病人本身的身体状况有关。严重的并发症会出现手术部位的损伤或者肿瘤种植等，但是罕见的。
房颤消融手术术后没有实际坏处，但应该注意合理护理。
手术后的6~8个小时通常需要3天的住院观察，手术后的头3个月需要抗凝剂，例如，华法林防止血栓栓塞，同时对RNA进行监测，将其保持在适当的抗凝强度范围之内，手术后3个月内可发生心率失常，故在速后仍持续使用约2~3个月的抗心律失常药物。对于需要手术治疗的患者，要做好术中护理及术后心理支持。手术后由家属陪同，不需要长时间卧床休息，可以进行相应的活动，有助于身体应该得到康复，要避免剧烈运动，回到家5天之内不游泳，沐浴尽量用淋浴的方式，切忌盆浴，保持穿刺点的干燥。术后早期要注意保暖和营养支持，如不适应时可用物理或化学方法缓解症状，必要时加用抗生素以降低病死率。
此外，在手术后的3个月之内，可能会出现心悸的症状，连房颤的短暂感也没有，手术后心房有钝性，这种现象是正常问题。
室上速射频消融术术后要注意休息。不要过多活动，尤其是不要剧烈活动。还要注意饮食清淡些，不可手术后给予过补。不要喝浓茶和咖啡。还要注意避免情绪波动。做室上速的射频消融手术治疗，出现阵发性室上速，可能并非是器质性心脏病导致的，是特发性的心律失常。
肝癌射频消融治疗复发率不是很高。肝癌射频消融治疗对早期肝癌，即直径小于5cm的肿瘤完全消融掉，术后一个月、三个月、六个月、一年需进行增强CT或增强核磁共振等检查，确认肿瘤治疗情况，治疗区域未见强化的病人，表明肿瘤基本完全消融。
大概一周左右，合并严重心肺疾病、肝功能不全者，恢复时间相对较长。较大肿瘤经过消融后，肝功能恢复时间适当延长如周围正常脏器损伤、治疗过程中出血，一旦出现这种情况，患者恢复期相对延长。射频消融术后3-5天进行复查，包括肝脏功能检查，凝血状态，超声检查，如果无异，通常治疗周期大概在一周左右可以恢复。
房颤消融术后复发采用肺静脉电隔离术，术后1年的复发概率大概是20%-40%，术后5年的复发概率大概是50%左右。如果患者为非阵发性心房纤颤，采用的是肺静脉电隔离术的方法，术后1年窦律的维持率仅为36%-60%；如果是术后长期窦律维持率，仅为20%-42%。所以，对于心房纤颤的患者，虽然首选射频消融治疗，但是，也并不代表射频消融后可以一劳永逸，射频消融后术后患者仍存在复发的可能。
