小孩反复高烧三十九度是由于呼吸道感染导致的，包括上呼吸道感染，如扁桃体炎，疱疹性咽峡炎，口腔溃疡。下呼吸道感染，如支气管炎，肺炎。或是消化道感染，神经系统感染，病毒性脑炎或者化脓性脑膜炎这两种疾病在发烧的同时合并有精神萎靡。
一般来说，主要是因为病毒细菌侵入身体，诱发呼吸系统和肠胃部感染，从而产生发烧。除此之外还有以下几个原因:一，不明原因发热，一般来说，临床上还采用发烧的狭义意义，发烧时间连续超过三个星期，患儿体温超过38.5摄氏度，经过细致的查问病史，身体检查以及寻常的体验检查，仍然不能确定发病原因。二，非感染性发热，不是由各类传染疾病诱发的，而是由各式炎症导致的身体体温调节中枢的混乱，或者是各式原因诱发的身体产热较多、放热较少，从而产生身体体温上升，异于正常体温的情况。
一般情况下，小孩反复高烧39.5℃，应考虑是什么原因引起的，并观察小孩的症状，比如有没有出现咳嗽、呼吸困难、呕吐、拉肚子等。需要及时口服布洛芬或者对乙酰氨基酚进行退热治疗，如果有需要，可以使用温开水进行物理冷却，比如耳朵、腋下、腹股沟等大血管的走行部位。出现高烧症状后要及时去正规的医院做进一步的检查，包括血液常规、肺炎支原体抗体等，明确原因后给予相应的处理。
小孩高烧反复可能是以下原因导致的：
如果孩子出现了反复发热的症状，有很大的可能是因为细菌或者是病毒感染导致的，需要及时去医院做血液常规和C反应蛋白的检测。白细胞高，C反应蛋白升高，需要进行抗感染处理，可以服用阿莫西林、克洛胶囊等抗生素。白细胞，C反应蛋白不高，需要进行抗病毒药物的治疗，比如服用利巴韦林胶囊、抗病毒口服液等。孩子出现咳嗽咳痰、精神食欲下降等症状时，要及时就医。
一般情况下，小孩40度高烧不一定会烧坏。具体分析如下：
如果是一些病毒，例如人类疱疹病毒6型感染，可能会诱发幼儿急疹，一般会高烧40度，一般会高烧3~5天，之后热退疹出，这么热的温度不会灼伤小孩，通常不会烧坏。出现40度高烧的原因是由于细菌引起的。因为这些病菌会侵入人体的每一个器官。这并不是因为发烧，而是因为某种器官受到了细菌的影响。
小孩反复发高烧40度可以给孩子口服相关药物看看效果，如果高热持续不退或者反复出现应及时带着孩子到当地正规医院儿科就医治疗。原因是各种病原微生物如病毒或者细菌导致的感染，如呼吸道感染、消化道感染、泌尿系统感染都可能导致孩子出现发热的症状。