对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的。支气管镜主要应用于明确肺部肿块性质。寻找可以和阳性痰细胞的起源。对于顽固性咳嗽可以做纤维支气管镜检查明确病因。辅助诊断不明原因的喘鸣。诊断咯血及痰中带血病可进行镜下局部治疗。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
如果是肺炎或肺结核病人，它本身就有发烧症状，做过气管镜以后出现发烧也是正常现象，需要对症治疗，支气管镜检查后，容易诱发内生性致热原的释放，病人也会出现发烧症状，病人如果是低烧，可以多喝一些温开水加快新陈代谢，也可以适当服用解热镇痛的药物，一般很快恢复正常。
中央型肺癌可以通过支气管镜确诊，周围型肺癌需要通过超声支气管镜，如附有电磁导航的支气管镜取活检进行病理诊断。通过支气管镜还能检查的疾病包括肺部感染患者、支气管内膜结核患者、异物误吸患者、气管狭窄患者等。
如果能明确诊断病因，就不需要进行支气管镜的检查，如果不能明确具体的诊断，有必要进行支气管镜的检查，排除一些其它的问题，排除一些支气管内膜结核、支气管肿瘤的可能性，要结合实际情况来进行分析。
