多重耐药菌治疗的时间根据个体差异病程不尽相同，病程的长短与基础疾病和感染的部位以及机体抵抗力有关。基本其他基础疾病较轻，身体机能较好的，感染症状不重。按照药敏结果合理用药，1到2周就会治愈。
肺结核出现耐药需要做一个结核杆菌的培养，并且行药敏检查，从药敏试验选择抗结核方案。肺结核的复治疗方案是在原来初次治病的基础上延长治病的周期，可以延长两个月。
对耐药菌一般治疗三个月就可以停药了，另外抗生素药物不宜长期使用，长期使用会导致更强耐药菌的产生。对于女性来说，尿有白细胞，没症状或症状不明显，且无肾积水、肾功能异常是不需要治疗的。如果症状明显，可以适当治疗，症状不一定是泌尿系感染引起的，需进一步检查权衡一下。
在治疗淋病时，药物通常可以选择青霉素、头孢菌素、罗红霉素等。
淋病是由淋病双球菌诱发的泌尿生殖系统黏膜的化脓性炎症性的疾病，主要通过不洁性行为进行传播。在治疗时，可以遵医嘱使用青霉素，如果对青霉素过敏，可以选择头孢菌素、罗红霉素等药物，以杀灭淋病双球菌。
治疗期间，要注意个人卫生，不要发生性行为。
靶向药物在使用一段时间以后，大多数的患者都会出现耐药，耐药的主要表现，首先是出现临床上面可能还没有症状的时候就可以出现影像学的改变，或者是基因的改变。另外一部分人就是有临床的症状的加重或者出现一些新的临床症状，譬如说疼痛、胸闷等等一些局部胸部的病灶加重或者是转移灶出现了一些症状。
多重耐药菌主要是接触传播，比如污染的手、污染的医疗用品，还有污染的医疗器械等。多重耐药菌对人体的伤害非常大，主要原因在于对很多抗生素都有抵抗作用，也就是各种抗生素或者大量抗生素都无法消灭多重耐药菌。
