核磁共振的检查是没有什么痛苦的，不痛，只是在做检查前，医生会让患者配带鞋套和给点棉球当耳塞，把耳朵堵上。因为核磁共振的检查就是声音会响，做的时间会长，但是不会痛。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
胸部核磁共振在胸部主要用来检查肋骨、脊柱。了解肋骨是否存在骨损伤，是否存在肋骨骨折，若存在肋骨骨折，可了解是陈旧性肋骨骨折或者是新鲜肋骨骨折；了解脊柱是否存在压缩性骨折及骨折的情况，还有是否存在脊髓损伤。胸核磁共振在肺部的应用很少，因肺多为含气囊腔，都用CT检查，核磁共振对肺部的检查效果不佳。核磁共振还可以用于纵隔脏器的检查。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
核磁共振没有电离辐射，对人体健康是没有危害的。主要可能存在一些风险，一个是核磁共振机器运转时会产生明显噪音，而且检查时孩子需要一个人躺在一个相对封闭的空间，会出现恐慌的情绪，长时间处在这样的环境下，噪音会引起耳鸣等不适，只要用棉球塞住耳朵，耐心安抚孩子情绪。
核磁共振检查是脊柱系统疾病的一种非常常见的辅助检查方式，由于对软组织以及骨骼系统均有良好的成像效果，所以，主要用于检查脊柱脊髓神经以及周围软组织的病变。磁共振对于脊柱系统疾病的检查范围非常广泛，胸椎磁共振检查主要用于胸椎结核，胸椎的骨折脱位，胸椎段脊髓神经的病变以及损伤，胸椎及胸椎周围的良恶性肿瘤、转移瘤以及胸椎周围软组织、韧带的急慢性损伤等。