松果体囊肿在囊肿非常小的时候是没有什么症状表现的，没有什么感觉。而如果囊肿出现持续增大，会导致出现中脑导水管堵塞，这样可以引起脑积水，也就是出现梗阻性脑积水，从而引起颅内压增高的症状，可以表现为头疼以及呕吐和视物模糊。
松果体囊肿引起的症状大多源自于囊肿体积较大，对松果体及其周边重要脑结构产生了压迫，临床上较常见的症状有颅内压增高症状，比如头痛，呕吐。眼部症状，比如视物模糊，眼球运动障碍。压迫导水管造成梗阻性脑积水，昼夜节律障碍，癫痫，耳鸣等。松果体囊肿压迫腺垂体会使性腺激素分泌减少，引起不孕。
松果体囊肿是由于发育的因素以及先天性的遗传因素等导致的。松果体主要是位于间脑脑前丘和丘脑之间。松果体囊肿主要的表现是颅内压增高，眼球上视不能，听力障碍等。
囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，松果体区囊肿绝大多数为先天性的，是非肿瘤性的良性病变，与肿瘤有着本质的区别。2cm以下绝大多数无症状，无需手术，生长增大的机率很低。症状严重者考虑手术切除，效果好。
松果体囊肿常见，松果体囊肿属于一类良性的病变。在国内，国外的事件存在率高达百分之四十，即一少半的人都会发生松果体囊肿。多数体积比较小，只有在核磁共振检查时或体检时突然就发觉。