巧克力囊肿手术后还会痛经，在手术之后还会有痛经的症状，这主要是因为本身的痛经并不是因为卵巢肿大所导致的，或者说痛经除了巧克力囊肿之外还有别的诱发因素，所以会导致做完了巧克力囊肿手术之后依然会痛经。
平时注重饮食就可以了，荤素搭配，饮食多样化。多吃新鲜的蔬菜和水果忌辛辣刺激性的食物。定期复查，做到有情况早发现。不建议使用蜂蜜及花粉等。平时加强体育锻炼，生活有规律。有情况及时就诊。
巧克力囊肿可以吃鸡蛋。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到了卵巢，是不影响正常的进食的，鸡蛋可以补充蛋白质，有利于组织的修复，可以养心安神，滋阴润燥，对病情是很好的，但是如果有腹泻，发热的症状就不能吃了。对巧克力囊肿也没有直接的不良作用。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
应该多吃抗囊肿的食物，鲎，海马，龙珠茶，山楂，囊肿出血的应该多吃羊血，螺狮，淡菜，乌贼，荠菜，藕，蘑菇，马兰头，石耳，榧子，柿饼。已经感染的应该吃鳗鱼，文蛤，水蛇，针鱼，鲤鱼，麒麟菜，芹菜，芝麻，荞麦，油菜，香椿，赤豆，绿豆。
巧克力囊肿病人喝小米粥对病情没有影响的，无需太担心的。巧克力囊肿病人应该多吃一些容易消化的食物，平时的时候可以多喝一些小米粥或者是山药粥，这类汤水不但营养丰富，而且不容易给病人肠胃造成负担。