扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
扁平疣是一种人乳头状瘤细菌。因此，如果患有扁平疣，要吃一些能清热解毒的食物。不要吃辛辣刺激的食物。对于已经形成的扁平疣，可以通过激光手术治疗。治疗后，必须注意皮肤护理。不要碰水。不要刺激皮肤，一般1-2周后会缓解。也要保证充足的睡眠，不熬夜，适当运动，提高身体免疫力。避免过度劳累。
扁平疣是一种比较常见的疾病，是由于人乳头瘤病毒感染引起的一种皮肤粘膜病，临床上扁平疣并不首选中药进行祛除，治疗扁平疣是应用具有角质剥脱作用的药物或者细胞毒的药物进行治疗，也可应用物理治疗的方式把疣体去除掉。常用的有维A酸软膏、咪喹莫特软膏、冷冻、电灼、激光等。中药对局部细胞的坏死效果不是很好，如果浓度太高，会对周围的正常皮肤组织造成严重的损害。扁平疣是不建议用中医的。
一般情况下，喝中药扁平疣2周到半年能痊愈。具体情况分析如下：
扁平疣的病程较长，多达数年甚至十几年。治疗方法多种多样，效果因人而异。扁平疣是风热毒邪蕴结皮肤导致的扁平疣。中药内服主要是疏风清热解毒散结。也可以选择煎汤外洗的中药，具有清热解毒的作用。扁平疣可以通过中药治疗。喝中药治疗扁平疣需要多久才能痊愈，根据临床观察，短则2-4周，慢则数月，长则半年。
人体免疫力下降也容易导致疾病的发生，治疗期间可以加入薏米的，对于扁平疣的治疗我个人首选激光去除疣体，再结合药物治疗更佳。薏米有药食两用的功效，薏米有祛湿，提高免疫力的作用，对于用于扁平疣的治疗也是可以的，扁平疣属于病毒感染所引起的。
