对于三个月的宝宝在睡觉的时候出现不停的摇头，需要看一下宝宝出汗多不多，如果出汗比较多，那需要考虑维生素d缺乏引起的维生素d缺乏，以后孩子出汗比较多，反复的摩擦头部，是由于头皮发痒引起的。
这是婴儿时期常见的睡眠障碍，一般不外乎以下几种情况，孩子的尿布湿了或者裹得太紧、饥饿、口渴、室内温度不合适、被褥太厚等，都会使小儿感觉不舒服而哭闹。父母只要及时消除不良刺激，孩子很快就会安静入睡。
宝宝睡觉不停的摇脑袋这种现象是维生素d缺乏性佝偻病的初期症状，多见于6个月以内的小宝宝，继而发展会有骨骺改变和运动动能发育迟缓，所以要积极治疗。主要的治疗是保证充足的日光照射，和每天补充生理剂量的维生素d。
考虑跟孩子缺钙有关。表现为夜间哭闹，出虚汗，使劲摇头，出现枕秃，走路不稳，有的孩子有O型或X型腿表现。也可能是肠痉挛。多见于一岁以内婴幼儿，夜间哭闹不止，或者是肠套叠。是婴幼儿急腹症之一。腹部超声可明确诊断。
宝宝经常摇头可能是因为怀孕期间有营养不良的症状，分娩后宝宝又摇头，可以去做微量元素检测，排除宝宝缺钙引起的，哺乳期间应该多吃新鲜的蔬菜和水果，补充体内的叶酸和维生素，多吃有营养的食物勤让宝宝晒太阳，可以补充体内的钙剂。
这是一个典型的缺维生素d表现。由于缺维生素d导致钙吸收减少，而导致的大脑、植物神经的兴奋性增高，宝宝晚上睡眠之后会出现左右摇晃脑袋，长时间发生可能会导致枕秃的情况。