脑囊肿的治疗方法有药物治疗和手术治疗。
脑囊肿一般都是生长比较慢的，有些病人已经很多年没有出现过了，如果是这样的脑囊，可以通过定期到当地医院复查，来了解病人的具体情况。没有明显的脑囊肿，在短时间里快速生长，可以不做特别的治疗。
如果是体积较大的脑囊肿，由于周围血管、神经、脑组织受到了严重的挤压，会引起头痛、头昏、恶心、呕吐等不适的情况，可以采用外科手术进行彻底的切除，术后使用抗感染的药物进行治疗。
体积较小不严重，体积大是严重的。脑囊肿的严重程度主要和大小和生长位置有关。体积较小没有不适这类脑囊肿是不严重的，脑囊肿体积比较大，有头痛、恶心、肢体功能障碍，严重者会出现癫痫，相对比较严重，需要手术治疗。
脑囊肿最佳治疗方法就是手术治疗，但是具体的还需要根据患者的情况而定，如果患者是属于比较轻微的蛛网膜囊肿，这种就不需要手术治疗，无论其大小或部位均都不需要治疗的，但是需要随时观察，如果情况属于严重的囊肿，就需要使用手术的方式使囊肿与周围脑池沟通。
如果囊肿不是很大，并没有压迫到周围组织，这种头痛头晕的表现和这种脑囊肿本身没有太大关系的，如果说囊肿很大的话，那就需要进行手术治疗的，可以考虑通过微创手术的方法来进行治疗。
小脑囊肿主要包括，蛛网膜囊肿，表皮样囊肿和皮样囊肿。如果蛛网膜囊肿，体积不是特别大，没有明显的占位效应，患者没有神经功能障碍，可以动态观察，如果复查发现囊肿有所变大了，再考虑手术治疗。手术方法包括，囊肿切除术和囊肿内引流术。