通常情况下，卵巢囊肿能治好。
卵巢囊肿一般为生理性，特点是单侧壁薄，如果直径小于8cm没有腹痛等不适症状，可以密切观察，一般2-3个月会自行消失。如果卵巢囊肿的直径大于8cm，或者持续性地长大，考虑卵巢肿瘤的可能性比较大，要进行手术治疗。手术有开腹手术和腹腔镜手术两种途径。卵巢囊肿的手术，需要根据患者的年龄、生育要求、对侧卵巢的情况来决定手术的范围。巨大的良性卵巢囊肿可以穿刺放液，待体积缩小以后把它取出，但穿刺前需要保护好切口周围的组织，以防囊液污染到其它地方，放液的速度也要缓慢，以避免腹压忽然之间降低。卵巢囊肿需要早期积极治疗，大多数都可以治好。
卵巢囊肿出现以下情况时是肯定不能怀孕的，卵巢肿瘤生长过快过大时，导致到影响卵巢的血运和排卵，某些卵巢肿瘤出现急慢性扭转、破裂时，影响卵巢血运和引起坏死，继而出现卵巢功能障碍和不排卵，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状。
卵巢囊肿如果只吃药一般不能好。临床上卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿一般发生在月经后半期，囊肿一般不超过5cm，临床上一般不会引起任何症状。通常月经干净后囊肿会自行消失。病理性卵巢囊肿可发生于月经的任何时期，并且直径大于5cm，临床上可出现月经改变或下腹部疼痛等症状。卵巢囊肿一般吃药无法根治，需要手术治疗，一般在月经干净后3-7天内去医院切除卵巢囊肿。
卵巢囊肿生理性的是可能好的，生理性的卵巢囊肿是由于激素水平的问题引起的卵泡黄素化不破裂形成的，生理性的卵巢囊肿无需处理随着月经来潮激素水平的变化，月经干净后复查会自行消失。
能治好的，对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术。