巧克力囊肿和畸胎瘤的治疗方法主要是手术治疗。区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
畸胎瘤多数是良性肿瘤，建议做微创手术，创伤性小，恢复也比较快。一般能保留卵巢和子宫的功能，所以治疗后对以后的生育影响不大。但如果是恶性肿瘤，需要做化疗，需要等身体恢复好才能考虑要孩子。
畸胎瘤会影响怀孕，畸胎瘤的主要病发部位是卵巢，而卵巢是女性产生卵细胞，排出卵细胞的一个重要器官。畸胎瘤存在于女性的卵巢当中，阻碍了卵细胞的排出，就会导致女性患有不同程度的不孕症。建议患有畸胎瘤女性可在医生指导下采取腹腔镜手术进行治疗，这样可以保持女性的生育功能。
畸胎瘤大多数情况下如果不是很大，并不影响怀孕。但是如果瘤体本身已经比较大，随着怀孕以后子宫体积增长，卵巢可能出现体位的变化，就可能会出现不良变化，包括扭转，影响卵巢功能。
如果是恶性的畸胎瘤危害肯定很大，对人的生命是有影响的。至于良性畸胎瘤其实也有危害，因为是有实性成分，很容易出现蒂蒂扭转、坏死，坏死后就有可能要手术切除一侧卵巢。需要及时采取手术治疗，手术之后可以恢复正常的生理功能，平时要饮食多元化，营养均衡，多吃一些新鲜的蔬菜水果，避免接触刺激性的化学物质，保证充足良好的睡眠。
卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。