新生儿痢疾的原因各不相同，需要根据病因进行治疗，比如感染性疾病，细菌或真菌感染需要进行抗感染治疗，病毒性肠炎是自限性的，不需要进行抗感染治疗。如果是一般的非感染性腹泻，首先要找到变应原，其次是乳糖酶。在治疗的时候，轻度儿童只需要对症处理，不需要静脉补液，而重度儿童需要静脉补液、维持电解质和酸解平衡。
一、病因治疗
如果是乳糖酶不耐受，可以通过服用乳糖酶或者是免乳糖配方喂养，如果是牛奶蛋白过敏，可以选择使用深度水解蛋白奶粉或者是氨基酸配方乳。
二、药物疗法
1.微生态调节剂：主要包括双歧杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌等。
2.肠粘膜保护剂：主要用于吸收细菌、毒素，保持肠细胞的吸收和分泌。
3.控制感染：细菌性痢疾、沙门菌肠炎、非侵袭性细菌所致的腹泻、非侵袭性细菌所致的腹泻等都要进行抗菌药物的治疗，尽可能的进行粪便的细菌培养和药敏实验。如果是真菌感染，可以给药，如果是全身感染，可以选择口服酮康唑或者是氟康唑。
新生儿拉肚子是新手妈妈比较棘手的常见问题，遇到这类问题家长不要慌，应先区分新生儿是生理性还是病理性腹泻，一般生理性腹泻和喂养方式有关，如果宝宝精神好，就不用担心，但如果人工喂养宝宝的大便带有黏液，应及时就医。病理性腹泻常见细菌、病毒感染导致，如秋季腹泻，家长应及时带孩子就医诊治。
一般情况下，新生儿腹泻有以下症状：
新生儿腹泻有一定的临床表现，包括胃肠、全身等。新生儿腹泻主要症状是大便次数增多、大便性状改变等，同时伴有呕吐、腹胀、哭闹、精神状态不佳等。另外还有脱水、电解质紊乱等情况。新生儿抵抗力低，有可能会有并发的感染，不能及时治疗很容易发生脓毒症。因此，如果新生儿腹泻，一定要及时送去正规的医院进行粪便常规检测，确定病因后及时治疗。
一般情况下，新生儿腹泻可以采用以下方式进行治疗：
出生后28天以内的婴儿称为新生儿。在这个时期，新生儿对感染的抵抗力很弱，容易受到感染。如果发现新生儿腹泻的症状，要马上去正规的医疗机构就医。如果有感染的可能，需要入院，给予抗感染的药物，同时补充水分、糖分、电解质等，以避免进一步的炎症蔓延，最终导致脓毒血症。若新生儿出现轻微的腹泻，需要进行动态的监测，可以服用蒙脱石散来起到防护作用，还可以服用一些常用的肠道益生菌药进行治疗。
小儿腹泻属于消化道的病症，可以通过以下几种手法进行按摩。1、基本治疗：按揉孩子的肚子，按揉孩子的肚子，持续顺时针。在上腹部，下腹部，整个腹部循环大约5-10分钟。2、推拿：手按穴、百次补脾经、百次大肠、一百次小肠。然后在双侧足三里穴上揉1-2分钟。把孩子放到床上，先按鱼尾300下，然后按七节骨头300下。
首先要注意调整饮食，一方面可以坚持母乳喂养，母乳可以为孩子提供所需要的营养，有利于消化，母乳中含有可以提高新生儿免疫力的成分。要注意新生儿的卫生，尤其新生儿可以接触到的玩具、被褥，一定要注意及时的清洁、消毒。