多囊肾是一种遗传性疾病，属于常染色体显性遗传，目前临床上没有很有效的治疗多囊肾的药物，部分药物处于实验室研发和临床试验阶段，尚未应用于临床。多囊肾的治疗，如果肌酐尚未升高且囊肿不是很大，平时治疗以注意生活方式为主，少吃刺激的食物，比如辣椒、巧克力、咖啡，多饮水预防结石的形成。
保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊肾的如果出现了压迫症状明显，肾功能处在失代偿阶段，可以进行囊肿去顶减压术，一般手术分侧进行。手术的同时，一定要在生活饮食习惯上多注意，中药的辨证论治在治疗多囊肾方面有一定效果。
多囊肾是一种遗传性肾病，目前对该病的治疗有非手术治疗和手术治疗。非手术治疗为内科对症治疗，多囊肾患者容易出现血尿，出现肾功能衰竭的多囊肾患者易于合并高血压、贫血等，这时的治疗需要针对症状进行止血、改善肾脏循环、控制血压、纠正贫血等。
治疗多囊肾可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
需要给予透析的治疗，从而导致肾功能的改善，才可以导致腿肿的消退。多囊肾已经引起了肾功能的不全，往往是属于这种疾病的比较晚的阶段，这样的病人主要是以改善症状为主，延长病人的生命，缓解病人的一些症状，改善病人的生活质量为主。