如果囊肿的尺寸比较大，那必要时也可以通过手术处理。这个症状大多数都是因为甲状腺囊肿，这个甲状腺囊肿是属于比较常见的一种疾病，多数考虑是良性的，如果囊肿的尺寸比较小，甲状腺功能指标正常，并不需要特殊治疗的，定期复查甲状腺彩超就可以的，平时避免海鲜，海产品等食物的摄入。
甲状腺滤泡囊肿治疗首先不要吃脂肪含量过高，也不要吃辛辣、刺激性食物，饮食注意清淡，多做一些体育运动，如:跑步，打球，长期坚持可得到改善，也可以通过手术切除或者化疗来进行治疗。
囊肿增大的时候，可以出现脑局部的组织受压所表现出来的一些功能缺失，比如乏力、感觉障碍，囊肿比较大已经形成压迫症状，或者是一个颅内高压表现或者出现癫痫的状态，进行囊肿的手术干预，比如囊肿的造瘘术或者囊肿的低压分流手术。
牙根囊肿通过手术来进行治疗，手术的方案需要看囊肿的位置、大小确定。如果是在前牙区且囊肿比较小，先进行根管治疗，通过手术切开翻瓣暴露囊肿，进行囊肿切除，同时去除囊肿内的根尖部分。再进行倒根充和封闭根尖孔，防止囊肿复发。
尿道囊肿如果比较小，不影响正常的排尿，是不需要做特殊的处理，定期的去医院复查即可。如果尿道囊肿比较大，影响到正常的排尿，可以去医院选择做逆行性造影，可以做出明确的诊断。必要的时候可以去医院选择做手术进行治疗，选择微创的手术方式，也就是经尿道囊肿切除术。
宫颈纳囊和囊肿不一样。宫颈纳囊是慢性宫颈炎的一种表现，是因为宫颈表面的炎症将腺管口阻塞或变窄，导致腺体分泌物引流受阻，滞留形成的囊肿，也称之为宫颈潴留囊肿。囊肿中的粘液常清澈透明，囊肿一般小而分散，可突出于宫颈表面。