肾积水较好的治疗方法为手术治疗。肾积水多是由于泌尿系统梗阻导致，常见原因为泌尿系结石，肿瘤压迫输尿管或泌尿系结核感染导致输尿管狭窄等，多是由于前列腺增生所引起。肾积水的治疗首先应解除梗阻，如为前列腺增生所致，则行前列腺切除手术。如存在输尿管结石，则应行碎石或取石治疗。如为肿瘤压迫引起，则应切除肿瘤或置入双J管解除梗阻。若肾积水时间较长，肾功能严重损害，可考虑行患侧肾切除术。
经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石，解除梗阻的一种技术和治疗手段。开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者。
在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
肾积水要针对疾病原因进行治疗，如泌尿系结核要给予抗结核治疗，肿瘤可手术治疗，尿路结石做体外碎石治疗。肾积水是因输尿管梗阻如泌尿系统患结核、肿瘤、结石等引起肾盂输尿管交界处梗阻，引起肾积水。由于肾积水可合并泌尿系感染。
肾功能治疗的方式是通过手术切开肾脏，放出多余的积水，难达到治疗的目的。但是具体的肾积水治疗要情况定制个性化的治疗方案，不能一概而论，原则上是需要挽留肾脏的功能，避免肾功能的进一步丢失，但是对于重度积水无功能的肾脏还是建议肾脏的切除。
开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者；肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施。