松果体囊肿如果没有任何不舒服，可以不用处理。如果出现头疼、恶心、呕吐、视物模糊等颅高压症状、听力减退、步态不稳、协调能力差、尿崩症等症状，可以中药治疗，如果中药治疗效果不好，可以手术治疗，可以采取脑立体定向与激光纤维颅内松果体囊肿切除手术。
囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，松果体区囊肿绝大多数为先天性的，是非肿瘤性的良性病变，与肿瘤有着本质的区别。2cm以下绝大多数无症状，无需手术，生长增大的机率很低。症状严重者考虑手术切除，效果好。
囊肿一般考虑跟炎症有一定的关系，多数考虑是良性的，如果囊肿的尺寸不是很大，一般并不需要马上治疗，可以定期复查，如果囊肿的尺寸比较大，可以先采取保守治疗一段时间，如果没有改善的情况下再考虑手术处理。可以根据临床医生的医嘱，结合具体情况来针对性的对症治疗。
松果体囊肿在囊肿非常小的时候是没有什么症状表现的，没有什么感觉。而如果囊肿出现持续增大，会导致出现中脑导水管堵塞，这样可以引起脑积水，也就是出现梗阻性脑积水，从而引起颅内压增高的症状，可以表现为头疼以及呕吐和视物模糊。
松果体囊肿引起的症状大多源自于囊肿体积较大，对松果体及其周边重要脑结构产生了压迫，临床上较常见的症状有颅内压增高症状，比如头痛，呕吐。眼部症状，比如视物模糊，眼球运动障碍。压迫导水管造成梗阻性脑积水，昼夜节律障碍，癫痫，耳鸣等。松果体囊肿压迫腺垂体会使性腺激素分泌减少，引起不孕。
