肺结核的治疗最主要是针对结核分枝杆菌的抗痨治疗，抗痨药物有很多种，它们的副作用根据不同药物种类而不相同。可能会引起肝损伤，还会导致血尿酸升高，出现关节痛的现象。副作用大的情况下要赶快停药。
肺结核需要服用多久需要根据疾病的恢复情况，一般治疗要在半年以上，在治疗疗程后进行相关的检查，例如痰液检查、胸片检查，能够发现痰液无菌、结核病灶钙化表现的时候，说明已经基本愈合，不具有传染性，达到这种标准的时候，可以停药，之后要注意调理身体，增强体质，避免有复发的可能。
肺结核药物的常见副作用有恶心、呕吐、腹部不适等胃肠道反应，还有肝、肾功能损害等严重不良反应，尤其是毗嗪酰胺、利福平等药物。结核病还可能导致关节痛和视神经的损害，这种情况往往是由服用乙胺丁醇引起的。肺结核患者在出现明显副作用时，可以在医嘱下调整目前所用药物，并添加维生素、甲钴胺或护肝药物等，必要时应暂停治疗。
服药期间，增添含蛋白质高的食物，增强自身体质。要安排好生活起居，早睡早起，不从事重体力劳动，防止过度疲劳，加强营养，多吃新鲜的鱼、肉、鸡蛋、牛奶、水果、蔬菜等，忌吸烟、酗酒、辛辣食品。
吃结核药的副作用可能会出现周围神经炎，表现为头疼，头晕，精神错乱，呕吐，胃疼，肝毒性，可出现一过性转氨酶上升，严重者伴黄疸。也可能会出现肝损伤，食欲不振，关节痛，恶心等。