可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
蝶窦囊肿最易累及视神经，影响患者视力，早期手术有利于视力的恢复。鼻内窥镜下蝶窦囊肿摘除术有损伤小，出血少，痛苦轻，手术时间短，安全，术后恢复快等优点。蝶窦囊肿是一种良性肿瘤样病变，主要的症状为头痛。
这个部位的囊肿主要会出现腰骶部疼痛，在早期囊肿比较小，也有可能是没有症状，一般药物只能是缓解，但是完全根据这个要到医院通过手术，尤其是输卵管的检查，如果有输卵管慢性炎症或是粘连堵塞等问题，要及时进行治疗，避免再次发生宫外孕。
轻微的卵巢囊肿通常不需要治疗，当囊肿大于5厘米就需要手术治疗。治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可保留部分卵巢组织，外用药物效果不大，建议尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。
卵巢囊肿没有超过4.0以上，可以考虑用保守治疗的方式。如果大于4.0了手术治疗比较好，有卵巢囊肿的女性最常见的症状就是小腹部有硬块，阴道不规则出血，小腹疼痛等。所以确诊后积极的治疗，平时多注意局部卫生，治疗期间不要有性生活。
头部囊肿主要是指颅内的蛛网膜囊肿，它是颅内的一种先天性的囊性病变，囊内含有脑脊液，由于是良性病变，囊肿与周围脑组织边界清楚。手术一般先释放囊腔内的脑脊液，然后沿着囊肿的边界，仔细分离与脑组织的粘连，它位于大脑凸面的颞叶比较表浅的位置，手术相对比较容易。但是在分离囊壁的过程中，有可能会造成脑组织的出血，引发癫痫，并且如果囊壁切除不完全，有可能会造成术后的复发。蛛网膜囊肿手术相对简单，风险不大。
