脑干出血一旦发生后，需要立即就医，并入住神经外科重症监护室。如果脑干出血量比较小，可以予以保守治疗。保守治疗主要包括动态监测患者生命体征、积极控制血压、动态复查头部CT，同时使用脱水降颅压药物、护胃药物及预防下肢深静脉血栓的药物等。
脑干出血后遗症多会表现为颅神经异常，眼球活动异常，眼球内收障碍、外展障碍，瞳孔可能也会出现异常，如果影响三叉神经脊束核，患者会出现改面部感觉异常，如果影响到面、舌神经核，可以出现面瘫，主要是中枢性面瘫，还有舌瘫伸舌偏向一侧。如果影响了双侧锥体束，患者会出现肢体无力、偏瘫。如果双侧受累就会出现四肢瘫。总之脑干的后遗症的临床表现，主要根据受损部位的不同而表现不同。
脑干出血5ml，如果在住院期间没有发生相关严重的并发症，比如再出血、肺部感染、下肢深静脉血栓等并发症，患者很有可能得到较好的康复，其存活时间可能达到5年，甚至10年以上。如果在住院期间发生再出血，或者严重的脑水肿及相关并发症，患者有可能会在3周之内发生死亡。
脑干出血会有很严重的后果，导致四肢瘫和昏迷、脑疝，危及生命的安全。出血量或多或少都会有后遗留下来。脑瘤是指脑部的肿瘤，如果是位于大脑凸面的脑膜。脑部的肿瘤比其他部位的肿瘤要更重一些。
脑溢血脑干出血是很严重的。肺部感染是脑干出血的主要并发症之一，也是导致死亡的主要原因之一。上消化道出血是脑血管疾病的严重并发症之一，即应激性溃疡，混合型上消化道出血和内侧囊内出血的脑干出血分别占49%和36%。潜在的机制是下丘脑和脑干病变。
