一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
凌晨咳嗽厉害，首先需要考虑的是咳嗽变异性哮喘引起的，咳嗽变异性哮喘的典型表现就是发作性干咳，常发生在半夜或者凌晨。治疗上主要以吸入性糖皮质激素为首选。
婴儿的情况，有过敏和慢性咽炎等，也有慢性胃炎的可能性。或是由于消化不良。首先喝多水，就可以口服药物颗粒，必要时雾化吸入，房子必须打开窗户换气，必须保持湿润。晚上睡觉前不要吃小宝宝，这两天吃少量的饭，稍微吃点东西，经口可以喝健胃消食的口服液，躺在婴儿旁边，务必拍拍背。平时不能多喝水。是有刺激性的食物。咳嗽比较严重时，持续时间比较长。晚上睡觉前内服药物。一般是三天到五天左右，可以慢慢地休息。
咳嗽不能喝咖啡，如果喝了咖啡，对人体的中枢神经系统伤害是相对比较大的，而且对病情有一定的影响。咳嗽，是人体清除呼吸道内的分泌物，或者异物的保护性、反射性动作，对人是非常有利的。
咳嗽有透明痰的原因是出现了气道炎症。出现气道炎症之后，要在医生指导下选择抗过敏的方式进行改善，再改善期间也可以结合止咳类的药物做双重治疗，能够达到辅助治疗的效果，可以让身体快速的恢复。如果患者在咳嗽时伴有了黄色痰液的现象，可能是出现了细菌感染，比较常见的细菌感染，有革兰因性菌。需要在医生指导下选择合适的抗菌药物进行改善，以免感染越来越严重。
醒来就咳嗽的现象还是比较常见的，最常见的原因还是发生了呼吸系统感染，在晚上睡觉的时候人体的咳嗽中枢会受到抑制，所以咳嗽的现象就会减弱，会出现睡着不咳嗽，醒来的时候就会出现咳嗽。