副作用报告最多的是胃肠道的不良事件，发生率多于1%的有拉稀、肚子疼、碰伤、头痛，转氨酶升高，鼻炎，皮疹等，大部分可以耐受，出现上述反应，暂时停药。伊曲康唑主要用于外阴阴道炎，花斑癣、脚气病、真菌性角膜炎和口腔念珠菌病。
虽然在伊曲康唑胶囊的药品说明书上没有规定服用后不能喝酒，但是患者朋友最好还是不要在服药后喝酒，因为有增加肝损害的可能。同时用药期间保持饮食清淡，戒烟戒酒，不要食用辛辣等刺激的食物。
伊曲康唑是治疗慢性前列腺炎的首选药物。大多数慢性前列腺炎都是由细菌感染引起的，伊曲康唑的主要作用是治疗霉菌，但如果治疗方向不对，那么可能起不到作用。慢性前列腺炎需要进行前列腺液培养，确定是否存在致病菌，再选择敏感抗菌素。罗红霉素和多西环素是慢性前列腺炎常用的药物。前列舒通、酆清片等中成药都是清热解毒的。平时要多喝水，不能久坐，要有温水坐浴，要有规律的排精。
是一种广谱抗真菌药物，临床上主要用于治疗手足癣灰指甲以及妇科真菌感染。这个药物在开始治疗一周后，在指甲的角质中就可以测到，就说明已经起作用了。一般三个月疗程结束后药物浓度仍然至少存在六个月的时间，这个药物主要存在于皮肤中汗液中也有少量的存在，另外一个集中地分布于易于受到真菌感染的部位，所以说一旦口服这个药物之后，应该至少间隔半年是更长的时间才能够怀孕。
伊曲康唑和氟康唑为同一类药物，联合不能增加疗效且可能增加副作用，建议不要两药联合。不知感染的为何种真菌，但肺部感染以曲霉菌为多见，建议使用两性霉素B、或伏立康唑或科塞斯等药物，当然也可使用伊曲康唑针剂。
副作用主要是胃肠道不适，比如厌食、吃不下饭或者恶心、肚子疼，还有可能会出现便秘，如果持续用药超过1个月，有可能这些症状都会出现。如果出现厌食、恶心、呕吐或者尿液变深，都要检查肝功，如果肝功不正常，可以停药。